Die Bundesregierung berief zudem eine unabhängige Ethikkommission, die zu allen Fragen der zukünftigen Energieversorgung Stellung nahm. Die Ergebnisse der Arbeit dieser Kommissionen waren die Richtschnur bei den folgenden energiepolitischen Entscheidungen.

Die Verantwortung für die kerntechnische Entsorgung war aufgrund der bis dahin seit Jahrzehnten geltenden Rechtslage aufgeteilt: Der Staat war auf der einen Seite für die Auswahl der Standorte sowie die Errichtung und den Betrieb der Endlager verantwortlich. Die Kernkraftwerke betreibenden Unternehmen waren auf der anderen Seite für die Stilllegung und den Rückbau der Kernkraftwerke und die Errichtung und den Betrieb der Zwischenlager verantwortlich. Die Finanzierungsverantwortung lag für alle Bereiche vollständig bei den Unternehmen. Diese Finanzierung sollte durch die Bildung von Rückstellungen sichergestellt werden. 

Ein für das Bundesministerium für Wirtschaft und Klimaschutz erstelltes Rechtsgutachten vom 10. Dezember 2014 kam dabei zum Ergebnis, dass bei einer möglichen Insolvenz der Betreiber- oder der Konzernmuttergesellschaften eine Einstandspflicht des Staates aus Steuermitteln entstehen kann. Das System der Rückstellungen führe aus Sicht der Gutachter zu keiner hinreichenden Absicherung. Die Gutachter schlugen daher die Einführung einer gesetzlichen Konzernhaftung, eines konzerninternen Sicherungsvermögens und eines öffentlichen-rechtlichen Fonds vor. 

Die Bundesregierung hat daraufhin auch eine wirtschaftliche Analyse durch eine Wirtschaftsprüfungsgesellschaft folgen lassen. Die wesentlichen Erkenntnisse dieses Gutachtens vom 9. Oktober 2015 waren folgende: Die Gesamthöhe der Entsorgungskosten zum Stand 31. Dezember 2014 betrugen 47,5 Mrd. EUR. Grundlage der Kostenschätzungen waren einerseits Schätzungen von oder im Auftrag der Unternehmen (Stilllegung, Rückbau und Zwischenlagerung) und andererseits Angaben des Bundes und seiner Behörden (Endlager). Diese geschätzten Kosten wurden für die Berechnung der Rückstellungen der Unternehmen, d.h. für die Bilanzierung der erforderlichen Barwerte, von den Unternehmen im Durchschnitt mit 1,6 % pro Jahr inflationiert sowie mit einer zusätzlichen nuklearspezifischen Kostensteigerung von durchschnittlich 1,97 % pro Jahr jeweils bis zu den voraussichtlichen Fälligkeiten eskaliert. Das Ergebnis dieser Berechnung wurde im Durchschnitt mit einem Satz von 4,58 % pro Jahr auf das jeweilige Bilanzjahr diskontiert. 

Diese rechtlichen und wirtschaftlichen Erkenntnisse waren die Grundlage der Diskussionen und Arbeiten der vom Bundeskabinett am 14. Oktober 2015 eingesetzten unabhängigen Kommission zur Überprüfung der Finanzierung des Kernenergieausstiegs (KFK). Die mit Fachexperten und Politikern besetzte 19-köpfige Kommission, die von einem Staatssekretärsausschuss unter Vorsitz des damaligen Chefs des Bundeskanzleramts Peter Altmaier begleitet wurde, wurde von den Ko-Vorsitzenden Ole von Beust (CDU), Matthias Platzeck (SPD) und Jürgen Trittin (Grüne) geleitet. Die Expertenkommission sollte Empfehlungen zu der Sicherstellung der Finanzierung von Stilllegung, Rückbau und Entsorgung erarbeiten, durch die gewährleistet ist, dass die Unternehmen auch langfristig wirtschaftlich in der Lage sind, ihre Verpflichtungen aus dem Atombereich zu erfüllen. 

Die KFK hat am 27. April 2016 ihre Empfehlungen in einem Abschlussbericht an den Staatssekretärsausschuss Kernenergie übergeben (hier die Zusammenfassung des Berichtes). 

Hinsichtlich der Rückstellungen der Unternehmen für alle Bereiche der kerntechnische Entsorgung in Höhe von 38,3 Mrd. EUR wurde ein ca. hälftige Aufteilung der Finanzierungsverantwortung vorgeschlagen: Stilllegung und „unverzüglichen Rückbau“ der Kernkraftwerke sowie für eine „endlagergerechte“ Verpackung des Atommülls sollte bei den Kernkraftwerksbetreibern bleiben und hinsichtlich der Zwischen- und Endlagerung sollte diese auf die Bundesrepublik Deutschland übergehen und die hierfür vorgesehenen Beträge in Höhe von ca. 17 Mrd. EUR zuzüglich eines ca. 35%igen Risikoaufschlags auf den Bund übertragen werden.

Die von der KFK vorgeschlagene Aufgaben- und Verantwortungsteilung wurde im weiteren Laufe des Jahres 2016 durch ein zehn Artikel umfassendes „Gesetz zur Neuordnung der Verantwortung in der kerntechnischen Entsorgung“ umgesetzt. Die wesentlichen Elemente der gesetzlichen Regelung über die Finanzierung des Kernenergieausstiegs wurden zudem auf eine zusätzliche vertragliche Säule zwischen der Bundesrepublik Deutschland und den Energieversorgungsunternehmen gestellt. Die Handlungs- und die Finanzierungsverantwortung für die Entsorgung kerntechnischer Abfälle wurden erstmals zusammengeführt. Die Unternehmen verpflichteten sich im Gegenzug, insbesondere alle entsorgungsbezogenen Klagen zurück zu nehmen. 

Die öffentlich-rechtliche Stiftung „Fonds zur Finanzierung der kerntechnischen Entsorgung“ wurde mit Inkrafttreten des „Gesetzes zur Neuordnung der Verantwortung in der kerntechnischen Entsorgung“ nach Erteilung der beihilferechtlichen Genehmigung der Europäischen Kommission am 16. Juni 2017 errichtet. Am 19. Juni 2017 hat das Kuratorium der Stiftung einen dreiköpfigen Vorstand der Stiftung ernannt sowie eine Satzung beschlossen. 

Am 3. Juli 2017 sind die Zahlungen für die Verpflichtungen der 25 Kernkraftwerke in Deutschland in Höhe von insgesamt 24,1 Mrd. EUR von den Energieversorgungsunternehmen auf die zwischenzeitlich bei der Bundesbank errichteten Konten der Stiftung eingegangen. So wurde der Fonds innerhalb weniger Tage errichtet, seine rechtliche und tatsächliche Handlungsfähigkeit hergestellt und seine vollständige Kapitalausstattung erreicht.

Die aufzubauende Ziel-Vermögensstruktur besteht aus den risikoarmen Anlagen, die überwiegend in Staatsanleihen mit hoher Bonität investieren sowie aus den risikotragenden Anlagen, wie Unternehmensanleihen, Anleihen von Schwellenländern und Aktien weltweit. Nicht börsennotierte Anlagen wie zum Beispiel Private Equity- und Infrastruktur-Fonds sowie Unternehmensbeteiligungen runden das Renditeprofil ab.